自営業から会社員へ転職した年の年末調整、どうすればいい？確定申告まで徹底解説

自営業（個人事業主）から会社員へ。年の途中で働き方が変わると、「税金の手続きはどうなるんだろう？」「年末調整は会社でやってもらえるの？」といった疑問が浮かびますよね。

特に、会社員経験が長い方ほど「年末調整は会社がやってくれるもの」というイメージが強いかもしれませんが、自営業から会社員に転職した年は、原則として自分で確定申告が必要になります。

この記事では、自営業から会社員になった年の年末調整と確定申告について、やるべきことを分かりやすく、順を追って解説していきます。

なぜ確定申告が必要？年末調整の基本ルール

まず、基本ルールを理解しましょう。

年末調整とは、会社が従業員の「給与所得」に対して、毎月の給料から天引きした所得税の過不足を年末に精算する手続きです。

一方、確定申告とは、一年間のすべての所得（事業所得、給与所得など）を合算し、最終的な所得税額を計算して国に申告・納税する手続きです。

会社が行う年末調整では、あなたが自営業として得た「事業所得」まで計算してはくれません。そのため、その年には「事業所得」と「給与所得」の両方が存在することになるため、これらを合算して正しい税額を計算する確定申告が自分自身で必要になるのです。

転職後にやるべきこと【年末調整と確定申告のステップ】

では、具体的に何をすれば良いのでしょうか。時系列に沿って見ていきましょう。

ステップ1：転職先の会社で「年末調整」の手続きをする

年の途中（通常11月～12月頃）に、転職先の会社から年末調整の書類（扶養控除等申告書など）の提出を求められます。これは、他の会社員と同様に必ず提出しましょう。

このとき、会社には以下の2点を伝えておくとスムーズです。

• 「年の途中で入社したこと」
• 「前職は自営業であったため、源泉徴収票はないこと」

会社は、あなたが入社してから年末までの「給与所得」についてのみ年末調整を行います。手続きが完了すると、年明けに会社から源泉徴収票が発行されます。この源泉徴収票は、次のステップである確定申告で必要になるため、大切に保管しておきましょう。

ステップ2：自営業期間の収入と経費をまとめる

会社で年末調整を進めている間に、あなたは自営業として活動していた期間（例：1月1日～入社日の前日まで）の収入と経費を集計し、事業所得を計算する準備を進めます。

• 用意するもの：売上の記録、経費の領収書やレシート、帳簿など

この作業は、自営業時代に毎年行っていた確定申告の準備と同じです。

ステップ3：翌年、自分で「確定申告」を行う

年が明け、会社から源泉徴収票を受け取ったら、いよいよ確定申告です。確定申告の期間は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです。

確定申告では、以下の2つの所得を合算して申告します。

1. 事業所得：自営業期間の収入から経費を差し引いた所得
2. 給与所得：会社から受け取った源泉徴収票に記載されている所得

これにより、一年間の正しい所得税額が確定し、必要に応じて納税または還付（払いすぎた税金が戻ってくること）の手続きを行います。

忘れないで！確定申告でできる「所得控除」

確定申告をする大きなメリットの一つが、各種「所得控除」を漏れなく申告できることです。特に、自営業の期間に支払った以下の費用は、忘れずに申告しましょう。

社会保険料控除

自営業の期間に支払った国民年金保険料や国民健康保険料は、全額が所得控除の対象となります。会社で行う年末調整では、入社後に給料から天引きされた社会保険料しか計算されません。自分で支払った分は、確定申告でしっかりと申告しましょう。

※国民年金保険料については、日本年金機構から送付される「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」が必要です。

その他の控除

• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 医療費控除（一年間の医療費が10万円を超えた場合など）
• iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金

これらの支払いを証明する書類を準備し、確定申告書に記入することで、課税対象となる所得を減らし、節税に繋げることができます。

まとめ：転職した年は「確定申告」で税金の総仕上げを

自営業から会社員に転職した年の税金手続きのポイントは、以下の通りです。

1. 転職先の会社で年末調整は行う（ただし、対象は給与所得のみ）
2. 自営業時代の所得（事業所得）があるため、自分で確定申告が必要
3. 確定申告では、「事業所得」と「給与所得」を合算する
4. 自営業期間に支払った国民年金・健康保険料なども忘れずに控除申請する

慣れない手続きで不安に感じるかもしれませんが、一つひとつ整理すれば難しいことはありません。会社員としての新しい生活をスムーズにスタートさせるためにも、この記事を参考に、年に一度の税金の総仕上げをしっかりと行いましょう。

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岩下隼人

ロイヤル合同会社　代表

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ロイヤル合同会社を設立して、新しいことに挑戦している人や、頑張っている会社を応援中。ときどき取材記者(ライター)。